- En 1516, le roi de France, François Ier obtient du pape Léon X un pouvoir inédit sur l’Église du royaume : c’est le concordat de Bologne. Dès lors, le roi n’a rien à gagner à laisser s’étendre le protestantisme, bien au contraire ; les persécutions contre les huguenots démarrent vite avec « l’affaire des placards » en 1534.
- Les successeurs de François Ier seront sans merci pour les Huguenots, et les massacres de protestants se multiplient. Le roi Henri II compte bien éliminer l’« hérésie » de Calvin qui prolifère en France, touchant maintenant nobles et bourgeois. À sa mort en 1559, il laisse le pouvoir à François II qui s’appuie sur la très catholique famille de Guise qui joue un rôle de premier plan dans les guerres de religions qui suivent. En 1560, les huguenots fomentent un complot dans la conjuration d’Amboise, déjoué par la famille de Guise : il marque le début des guerres de religion.
- Ce type de conflit existe dans toute l’Europe à des ampleurs différentes depuis la réforme de Luther en 1517, notamment dans le nord, et les grandes puissances s’en mêlent.
À la mort de François II en 1560, Catherine de Médicis devient régente au nom de son deuxième fils Charles IX et tente une politique d’apaisement ; elle donne aux réformés le droit de culte hors des villes. Mais en 1562, la famille de Guise s’attaque à des réformés qui priaient dans une ville : c’est le massacre de Wassy, qui lance la première guerre de religion.
De 1562 à 1563
Louis de Bourbon, prince de Condé mène les huguenots contre les catholiques de François de Guise ; des massacres sont commis des deux côtés jusqu’à ce que Catherine de Médicis négocie la paix avec l’édit d’Amboise le 19 mars 1563. La paix dure 4 ans, pendant lesquels Charles IX tente de négocier avec le très catholique Philippe II d’Espagne ; mais le prince de Condé tente de l’enlever en 1567 et déclenche la deuxième guerre.
De 1567 à 1568
Malgré de grandes victoires dans le sud, l’armée huguenote est battue à Paris. L’édit de Longjumeau en mars 1568 donne une brève paix.
De 1568 à 1570
Le duc d’Anjou, futur Henri III, mène les troupes catholiques soutenues par l’Espagne contre les troupes huguenotes du prince de Condé, soutenues par l’Angleterre. La mort du prince de Condé à Jarnac marque la victoire catholique : Catherine de Médicis fait signer la paix de Saint-Germain en août 1570, donnant aux réformés la liberté de culte et des places fortes en France.
De 1572 à 1573
Charles IX souhaite faire la paix avec les huguenots et marie sa sœur au protestant Henri de Navarre ; mais le 24 août 1572, après des intrigues politiques, la famille de Guise organise le massacre des protestants dans les principales villes de France, faisant 3 000 morts rien qu’à Paris. C’est le massacre de la Saint-Barthélemy.
Sans chefs huguenots, la guerre qui s’ensuit est une révolte populaire matée dans le sang ; la paix, signée lors du traité de la Rochelle en 1573, est encore une fois de courte durée.
De 1574 à 1577
Henri III succède à son frère Charles IX en 1574, mais le cadet des Valois, le duc François d’Alençon, prend la tête du mouvement des Malcontents comptant des huguenots et des catholiques. La guerre est interrompue par la brève « paix de Monsieur », qui renforce les protestants.
Les catholiques furieux s’unissent donc dans la Ligue et reprennent la guerre jusqu’à la « paix du Roi » en 1577, qui annule les avantages des protestants.
De 1579 à 1580
Henri de Navarre reprend la guerre avec les huguenots, tandis que la monarchie est menacée par les ambitions de la famille de Guise. En 1584, la mort du duc d’Alençon alors qu’Henri III n’a pas de successeur laisse le huguenot Henri de Navarre comme héritier de la couronne. Les Guise, Philippe II et le pape Sixte Quint s’unissent contre Henri de Navarre et Henri III est obligé de les suivre.
De 1585 à 1588
C’est ainsi que débute la guerre des trois Henri : Henri III, Henri de Navarre et Henri de Guise. Alors qu’Henri de Navarre avance vers le nord, Henri de Guise déclenche la journée des barricades en mai 1588 et force le roi Henri III à quitter Paris. Il gagne alors en pouvoir et arrive à la tête de la Ligue. Henri III s’allie donc à Henri de Navarre pour en finir avec la menace de Guise et le fait exécuter. Cela provoque la colère des catholiques, et Henri III est assassiné par un jésuite.
De 1589 à 1598
Henri de Navarre hérite de la couronne de France contre l’avis du pape et devient Henri IV. Il part à la reconquête de son royaume, mais comprend bien vite qu’un protestant ne sera pas accepté à sa tête. Il se fait donc sacrer à Chartres et rentre enfin à Paris en 1594. Il fait ensuite reculer l’armée espagnole, signant ainsi la paix avec Philippe II et le pape.
- Le 13 avril 1598, il signe l’édit de Nantes qui donne aux protestants la liberté de conscience et de culte, et est un symbole de tolérance religieuse à l’époque.
- Le pays et l’économie sont dévastés par 36 années de guerre civile, mais Henri IV est renforcé dans son royaume par l’image d’un roi raisonné, bien que les luttes et complots aient affaibli la monarchie.
- Lors du siècle à venir, la situation restera tendue entre catholiques et protestants, menant encore à des guerres politiques comme religieuses.